北投捷運園區組織架構包括三大部分：

1.北投機廠：北投機廠為捷運五級保養廠，為捷運路網中功能最完備齊全的保修機廠；內部行政單位包括系統處、工務處、車輛處、人力處、行車處及供應處等。

2.北投會館：由人力處負責經營管理，對外開放之設施設備包括：
◆學員宿舍：5間單人房、41間雙人房、2間貴賓室、1間研討室及1間備有卡拉OK伴唱設備的視聽室
◆訓練教室：1間綜合會議廳、1間研討室、4間大型教室、6間一般教室
◆訓練活動中心：1座游泳池(含主池、兒童池及跳水池)、1面籃球場、3面羽球場、1間健身房、8檯桌球桌、5檯撞球桌、1面迴力球場、2間韻律室及1座兒童遊樂場
◆旅客服務中心：1間演講廳、1間大型教室

3.宴會餐廳：為委託予民間經營管理(目前為福臨門餐廳)，備有5間大小包廂及大廳，可提供會議研習用餐、會議餐點及喜宴、尾牙、聚餐等多樣服務。
◆餐廳
◆主題咖啡廳
◆便利商店